DS版はハード特有の上画面にマップやステータスやメッセージなどを表示できる。
また、ニンテンドーWi-Fiコネクションに対応しており、風来救助のほか、全国のプレーヤーと風来人番付やタイムアタックで競い合うことができる。

SFC版はプレイ内容が常に自動セーブされる。ゲーム中に電源が切れても、中断を選択して終了した場合と同じく、最終の状況からのゲーム再開となる。
DS版は自動セーブではないので、電源が切れた場合は倒れたことになる。

SFC版はセーブデータを3つ保存することができ、風来日記を作る、写す、消すことができる。
DS版の日記は1つで消すことだけできる。日記を消しても冒険の足跡は残る。
冒険の足跡はSFC版にはない。

DS版に追加　
宿場への道：基本的なルールとテクニックが学べる
死者の谷底：ペケジに関連するダンジョン
儀式の洞窟：奇岩谷の住民とキグニ族に関連するダンジョン
魔蝕虫の道：魔蝕虫に関連するダンジョン

DS版は、武器と盾のそれぞれに強化値の上限が設定されている。
また、壺を増大できないので容量は[5]までに限られている。

DS版に追加　

武器	金の剣、斬空剣、使い捨ての剣、キグニキングの斧、金の剣改、こん棒改、どうたぬき改、ドラゴンキラー改、長巻改
盾	金の盾、ゲイズの盾、プリズムの盾、キグニキングの盾、金の盾改、重装の盾改、地雷ナバリの盾改、青銅甲の盾改、鉄甲の盾改、ドラゴンシールド改、バトルカウンター改、皮甲の盾改、木甲の盾改
腕輪	毒よけの腕輪、ドレインよけの腕輪、眠りよけの腕輪、会投の腕輪、吸毒の腕輪、吸夢の腕輪、吸乱の腕輪、狂戦士の腕輪、幸運の腕輪、商人の腕輪、超回復の腕輪、毒夢の腕輪、まもりの腕輪、乱毒の腕輪、乱夢の腕輪
その他	おにぎりの巻物、連鎖の巻物、ワナがけの巻物、回復の杖、加速の杖、鈍足の杖、雷光の杖、消え去り草、物忘れの草

SFC版のみ　
やまびこの盾、レベル固定の腕輪、分裂の壺、壺増大の巻物
尚、SFC版の敵倍速の巻物は、DS版ではほぼ同じ効果の敵加速の巻物になった。

モンスターのレベルは基本的にSFC版は3段階。DS版は4段階。
DS版は、敵のレベルアップによる危険度の上昇が緩やかになった。
また、杖などによる行動速度変化の段階が細かくなった。

DS版に追加　
カラカラペンペン系、タイガーウッホ系、チンタラ系、ばくだんウニ系、パルテノス系、ヒーポフ系、ヤミウッチー系

DS版では、ワナ師状態でのワナに対する操作や経験値の計算が改定された。
また、設置されているワナを別のワナに作り変えることができなくなった。

DS版に追加　
一方通行のワナ、おにぎりのワナ、階段のワナ、カゲぬいのワナ、呪いのワナ、ふき飛ばしのワナ

・皮甲の盾を合成しても錆びない能力が合成されなくなった。
・装備品以外のアイテムも呪われるようになった。
・おはらいの巻物の効果範囲が全てのアイテムではなく1つだけになった。
・メッキの巻物で呪いが解けなくなった。
・白紙の巻物の効果の発動は、読んだことがある巻物に限られた。
・攻撃された時に相手の方を向くようになった。